An gewissen Standorten droht das Jakobs-Kreuzkraut zum Problemunkraut zu werden. Die Pflanze breitet sich auf Stilllegungsflächen sowie auf extensiv genutztem Grünland (Weiden mit zu geringer Besatzstärke, spät gemähtes Grünland, Natura-2000- und Naturschutzgebiete, Böschungen …) rasch aus, weil man der Pflanze auf derartigen Flächen die Möglichkeit lässt, in Blüte zu kommen und Samen zu bilden. Der Samen gelangt durch Windausbreitung auf die anliegenden landwirtschaftlichen Flächen, wo sich das Jakobskreuzkraut dann etabliert. Dies ist insofern äußerst problematisch, als alle Teile der Pflanze giftige leberschädigende Pyrrolizidinalkaloide enthalten. Bei Beweidung hält sich das Risiko in Grenzen, da die Rinder die im frischen Zustand bitter schmeckenden Kräuter meiden. Anders, wenn das Gras als Heu oder Silage konserviert wird. Denn im Gegensatz zu vielen anderen Giften bleiben Alkaloide des Jakobskreuzkrauts bei der Konservierung in Heu oder Silage wirksam. Bei der späteren Verfütterung werden die Alkaloide dann von den Rindern aufgenommen.
Natagriwal hat eine Broschüre zu der Thematik herausgebracht, die allerdings nur in Französisch verfügbar ist.